Антон Васильевич (Berend Otto) фон Моллер родился 8 февраля 1764 года на острове Эзель (ныне Сааремаа) в имении отца, Вальтера Вильгельма, Мустел (ныне Мустяла). Фон Моллеры происходили из древнего дворянского рода. Матерью его была Маргарита Елизавета, урожденная фон Энгельгардт. Мальчик рос на приволье в красивом зеленом крае. Когда Отто немного подрос, его брат Фридрих Вильгельм, который был старше на три года, стал брать его на прогулки к морю. Он рассказывал малышу удивительные истории о морских сражениях, о необитаемых островах, о разных замечательных приключениях. Отто, затаив дыхание, слушал рассказы брата. Кто бы мог подумать, глядя на мальчиков, гуляющих по берегу моря, что один из них станет вице-адмиралом, а другой — адмиралом, морским министром Российской империи.
Одиннадцати лет Отто был направлен в Морской кадетский корпус, находившийся тогда в Кронштадте.
Воспитание того времени в Морском корпусе было весьма суровое. По словам воспитанника этого корпуса, знаменитого мореплавателя Беллинсгаузена, с кадетами обращались не как с воспитанниками, а больше как с преступниками.
Тогдашний корпус представлял особый малый мир тьмы. Все было сурово и грязно. Чтобы не замерзнуть в спальнях, воспитанники затыкали выбитые в спальнях окна подушками и таскали ночью из Адмиралтейства дрова.
Хотя программа преподаваемых наук была весьма пространная, в нее входили даже нравственная философия, правоведение, итальянский и латинский языки, но в сущности более основательно преподавались только математика и навигационные науки невежественными учителями, требовавшими заучивания уроков наизусть от слова до слова, а на прочие предметы почти не обращалось внимания. Невозможно было отыскать хороших учителей из-за скудости определенного им содержания.
Когда Отто Моллер поступил в Морской корпус, то совсем не знал русского языка. Но вскоре выучил его. По выходе из корпуса он в совершенстве усвоил русский язык. В корпусе его стали звать Антоном. На русской службе он стал Антоном Васильевичем фон Моллером.
После трех лет обучения Антона произвели в гардемарины, а в 1779 году — в сержанты. В том же году фрегат «Наталия», на котором проходил морскую практику юный гардемарин, потерпел крушение у голландского берега. Офицеры и гардемарины фрегата оказались в Голландии. Гардемаринов не стали возвращать обратно в Россию, а по повелению императрицы Екатерины II они были отправлены в Лондон для окончания учебного курса и помещены в морскую академию.
В 1780 году Антон Моллер возвратился в Кронштадт.
Он служил в Каспийской флотилии, крейсеровал в Балтийском море, неоднократно ему поручалось конвоировать огромные купеческие флоты, участвовал в морских сражениях.
В 1799 году фон Моллер был произведен в капитаны 2-го ранга.
8 сентября 1802 года по императорскому указу Антон Васильевич фон Моллер был назначен «первоприсутствующим (председателем) экспедиции поправления Ревельского порта». На следующий год он был произведен в капитаны 1-го ранга.
Стремясь укрепить владение Балтийским морем, император Петр I был весьма обрадован приобретением Ревеля в 1710 году. Порт мог бы служить прекрасной оперативной базой и заменить Кронштадт, которым государь был недоволен из-за его ранней замерзаемости, позднего очищения ото льда, постоянного засорения фарватера песком, наносимым Невой. Пресная вода кронштадтских рейдов вредно влияла на судовые обшивки.
Однако вскоре выяснились значительные неудобства тогдашней Ревельской гавани: ее узость и открытость северным ветрам. Так, в 1716 году сильная буря не только разбила корабли «Фортуна» и «Антоний» и сильно повредила остальные, но почти совершенно уничтожила начатые работы по устройству мола. Невозможность тогдашними техническими средствами произвести сложную работу по созданию Ревельского военного порта заставила Петра I отказаться от дальнейшего укрепления Ревеля.
Со вступлением на престол императрицы Екатерины II очень скоро был поднят вопрос о Ревеле. Созданная для обсуждения этого вопроса комиссия постановила употребить все средства на построение в Ревеле новой военной каменной гавани по новому проекту с солидными укреплениями.
Начавшаяся в 1788 году война со Швецией заставила обратить особое внимание на Ревель как на базу для флота. Осмотр Ревельского военного порта особой комиссией показал необходимость немедленного дополнительного ремонта, на который тотчас же было отпущено из кабинета императрицы 50000 рублей.
Начатые работы не принесли желаемого результата. В 1792 году сильная буря почти разрушила стенку гавани, а шторм 1794 года довершил ее разрушение, несмотря на произведенные починки.
Вступив на престол, император Александр I приказал немедленно привести Ревельский порт и его укрепления в оборонительное состояние. Председателем экспедиции по приведению Ревельского порта в порядок был назначен Антон Васильевич Моллер. Бастионы были обнесены каменной стеной и палисадами, увеличен насыпкой крепостной гласис, заложена новая батарея на берегу у бывшего монастыря Св. Биргитты, ретраншемент у Адмиралтейства, исправлены и обложены камнем Ингерманландский бастион, равелин Висмар.
В это же время делались приготовления для строительства новой Ревельской гавани, заготавливались материалы, проводились изыскания и составлялись планы.
29 января 1807 года была заложена новая Ревельская военная гавань по Высочайше утвержденным планам. Для усиления защиты гавани была заложена на южной части берега батарея в 24 орудия, вновь исправлена двойная батарея на рейде и Кассель-батарея. Остальные укрепления были капитально исправлены.
В 1808 году капитан Антон Васильевич Моллер за успешное выполнение работ пожалован орденом Св. Анны 2-й степени с бриллиантами и 28 мая произведен в капитан-командоры.
1 января 1809 года фон Моллер произведен в контр-адмиралы с оставлением первоприсутствующим экспедиции по построению Ревельской военной гавани.
В 1811 году постройка гавани по политическим обстоятельствам (разрыв с Англией) была приостановлена.
В 1813 году Антон Васильевич Моллер командовал эскадрой из четырех вновь построенных в Архангельске кораблей, которые, несмотря на позднее осеннее время, благополучно привел из Архангельска в Ревель.
В феврале 1814 года, по Высочайшему повелению, снова был назначен первоприсутствующим экспедиции поправления Ревельского порта. Нужно было продолжать строительство Ревельской гавани, прерванное на время войны. К 1815 году большая часть строительства была уже закончена, за исключением восточной части. В 1816 году за успехи в строительстве Моллер был награжден бриллиантовыми знаками ордена Св. Анны 1-й степени.
В 1817 году он командовал эскадрой из пяти линейных 74-пушечных кораблей и выполнял отдельные поручения, а затем вновь возвратился к прежней должности по строительству Ревельского порта. Здесь он находился в 1818-м,1819-м и в 1820 гг.
25 ноября 1821 года Антон Васильевич Моллер был назначен начальником Морского штаба Его Императорского Величества, с управлением и Морским министерством. В январе 1822 года ему было Высочайше повелено присутствовать в Комитете министров и в Государственном совете.
1 января 1828 года Антон Васильевич Моллер был назначен морским министром, через год — 1 января 1829 года он был произведен в адмиралы.
5 февраля 1836 года, в тот день, когда ему исполнилось 72 года, он по состоянию здоровья и по его просьбе был уволен с должности морского министра с оставлением членом Государственного совета и с сохранением получаемого до того содержания.
Летом адмирал всегда жил на даче, по Петергофской дороге, а зимой в Петербурге, в кругу многочисленного своего семейства.
Антон Васильевич фон Моллер был женат на Юлиане (Juliana Charlotta Elisabeth) фон Нолькен. Венчание состоялось в Ревеле 1 июня 1806 года. Антону Васильевичу было 42 года, его невесте — 19 лет. Она была уроженка Ревеля и происходила из известной семьи Нолькенов. Антон Васильевич с женой прожили в мире и согласии 42 года.
У фон Моллеров было 11 детей, восемь из них родились в Ревеле: Елизабет (1807), Пауль (1808), Август (1814), Вильгельм (1815), Иохан (1817), Эмилия (1819), Эдуард (1820), Юлия (1821). Сын Отто родился в 1812 году в Кронштадте.
Юлиана фон Моллер занималась благотворительностью. За свою заботу о нуждающихся и страдающих она была удостоена ордена Св. Екатерины 2-й степени.
Отто Моллер стал известным художником. Он учился в Академии живописи в Санкт-Петербурге. Его учителем был знаменитый художник Карл Брюллов. Кисти профессора Федора Антоновича (Отто) Моллера принадлежат три известных портрета Николая Васильевича Гоголя. Его картины имеются в Русском музее в Санкт-Петербурге.
Антон Васильевич фон Моллер скончался 5 октября 1848 года в возрасте 84 лет. Хотя телесные силы в последние годы жизни его почти оставили, но силы душевные и умственные сохранились в нем в удивительной свежести до последней минуты его жизни. Он скончался в Петербурге в кругу многочисленного своего семейства. Старый адмирал скончался почти внезапно от легкого приступа холеры через два дня после возвращения его с дачи в город.
Похоронен адмирал на Волковском лютеранском кладбище в Санкт-Петербурге.